Przygotowanie się pacjenta do pobrania próbki kału oraz sposób jej pobrania, przechowywania i transportu mają bardzo duży wpływ na wiarygodność wyniku. Dlatego należy zastosować się do poniższych zaleceń:Wynik badania nie będzie wiarygodny, gdy materiał do badania będzie pobrany podczas przyjmowania: antybiotyków, leków i suplementów przeciwgrzybicznych, przeciwgorączkowych, oraz odrobaczających. Badanie można wykonać po upływie przynajmniej 2 tygodni od chwili zakończenia leczenia. Należy także stosować zwyczajową dietę, bez większych zmian żywieniowych.Przed oddaniem kału przeznaczonego do badania należy całkowicie opróżnić pęcherz moczowy. Kał nie powinien mieć kontaktu z wodą, moczem czy też środkami czystości.