Badanie mikrobiologiczne kału służy do identyfikacji potencjalnie chorobotwórczych bakterii obecnych w przewodzie pokarmowym. W warunkach prawidłowych jelita człowieka zasiedlone są przez zróżnicowaną florę bakteryjną (mikrobiotę), która pełni funkcje ochronne, immunomodulujące i metaboliczne. W przebiegu zakażeń bakteryjnych może dojść do zaburzenia tej równowagi i obecności patogenów, które wywołują objawy kliniczne. Badanie posiewu kału umożliwia wykrycie wyłącznie bakterii tlenowych. Nie obejmuje diagnostyki bakterii ściśle beztlenowych ani drobnoustrojów wymagających specjalnych warunków hodowli.

Wskazania do wykonania badania:

ostre lub przewlekłe biegunki,
bóle brzucha o nieznanej etiologii,
gorączka z objawami jelitowymi,
podejrzenie zatrucia pokarmowego,
diagnostyka zakażeń szpitalnych lub związanych z podróżami,
monitorowanie skuteczności leczenia infekcji przewodu pokarmowego.
Najczęściej wykrywane patogeny:

Salmonella spp.,
Shigella spp.,
enteropatogenne szczepy Escherichia coli
Yersinia enterocolitica,
Wynik badania nie będzie wiarygodny, gdy materiał do badania będzie pobrany podczas przyjmowania: antybiotyków, leków i suplementów przeciwgrzybicznych, przeciwgorączkowych, oraz odrobaczających. Badanie można wykonać po upływie przynajmniej 2 tygodni od chwili zakończenia leczenia. Należy także stosować zwyczajową dietę, bez większych zmian żywieniowych. Przed oddaniem kału przeznaczonego do badania należy całkowicie opróżnić pęcherz moczowy. Kał nie powinien mieć kontaktu z wodą, moczem czy też środkami czystości.